Küçük Kahramanlar: Deniz Altı Maceraları, tehlike altındaki krallığı kurtarmak için arkadaşları ile maceraya atılan Clara'nın hikayesini konu ediyor. Küçük deniz kızı prenses Clara, denizlerin kralının küçük kızıdır. Babası, Clara’ya sihirli güçlerle donatılmış hediye bir inci verir. Küçük deniz kızı sihirli incisini arkadaşlarıyla keyifli oyunlar oynamak için kullanır. Ancak bir gün, kötü canavarlar krallığı ele girmek için güçlerini birleştirir. Bu olay üzerine kral, Clara’ya verdiği sihirli incinin denizleri koruyan bir gücü olduğunu anlatır. Ancak canavarlar oldukça güçlüdür ve sihirli incinin gücü tek başına onları durdurmaya yetmez. Clara, 4 tane daha sihirli inci olduğunu öğrendiğinde, arkadaşları ile birlikte kayıp incileri bulmak ve canavarları yenmek için maceraya atılır.